Většina probiotických doplňků obsahuje laktobacily nebo bifidobakterie, takže jejich použití zvyšuje tvorbu bakterií v tenkém střevě. A to může být pro někoho problém, protože zvyšují množství bakterií v tenkém střevě. Proto takové probiotika nejsou zcela vhodné pro ty, který trpí např. na SIBO. Vhodnější jsou "půdní probiotika", např. obsahující Bacillus coagulans.